کتابخانهپژوهشگاه حوزه و دانشگاه از سال ۱۳۶۱ همزمان با تأسیس دفتر همکاری حوزه و دانشگاه تأسیس گردید و از سال ۱۳۷۱ فعالیت اصلی خود را آغاز کرد. این کتابخانه به صورت مخزن باز است و دارای بیش از ۸۰ هزار عنوان کتاب فارسی و عربی و ۸ هزار عنوان کتاب لاتین است كه به كمك نرم افزار كتابخانه مي توان به جستجوي آنها پرداخت. این کتابخانه شامل دو سالن مطالعه است. یکی از سالن‌ها مخصوص اعضای هیئت‌ علمی و سالن دیگر، سالن مطالعه دانشجویان می‌باشد. در سالن مطالعه اعضای هیئت علمی، هر میز مخصوص یک عضو هیئت علمی بوده که دارای کامپیوتر شخصی و کتابهای مورد نیاز در روی میز به صورت امانی برای استفاده به مدت طولانی وجود دارد. در بخش دانشجویان هم، دانشجویان می‌توانند از اين امكانات استفاده نمايند. در بخش خدمات الكترونيك سرويس پايگاه نرم افزارهاي پژوهشي وجود دارد که تقریباً تمام نرم‌افزارهای علوم انسانی و اسلامی موجود در بازار در این سرويس وجود دارد. اين سرويس براي كاربران پژوهشگاه و در بستر وب قابل استفاده مي باشد. يكي از ديگر بخش هاي كتابخانه پژوهشگاه حوزه و دانشگاه، بخش کتب و منابع مرجع است که به سه زبان انگلیسی، عربی و فارسی کتب مرجع در آنجا وجود دارد.

در بخش سالن نشریات، حدود ۹۰۰ عنوان مجله وجود دارد که ۷۰۰ عنوان آن به صورت جاری و مستمر دریافت می‌گردد كه در موضوعات گروههای یازده‌گانه پژوهشی، شامل: اقتصاد، مديريت، علوم سياسي، جامعه‌شناسی، روانشناسی، فلسفه و كلام، علوم تربيتي، حقوق، فقه، علوم قرآني، تاریخ اسلام و فلسفه علوم انساني است.